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埃博拉病毒(EBOV)核酸檢測(cè)試劑盒設(shè)計(jì)引物的原則
更新時(shí)間:2020-08-11   點(diǎn)擊次數(shù):1417次

埃博拉病毒(EBOV)核酸檢測(cè)試劑盒設(shè)計(jì)引物應(yīng)遵循以下原則:

①引物長(zhǎng)度: 15-30bp,常用為20bp左右。

②引物擴(kuò)增跨度: 以200-500bp為宜,特定條件下可擴(kuò)增長(zhǎng)至10kb的片段。

③引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴(kuò)增效果不佳,G+C過多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC好隨機(jī)分布,避免5個(gè)以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。

④避免引物內(nèi)部出現(xiàn)二級(jí)結(jié)構(gòu),避免兩條引物間互補(bǔ),特別是3’端的互補(bǔ),否則會(huì)形成引物二聚體,產(chǎn)生非特異的擴(kuò)增條帶。

⑤引物3’端的堿基,特別是末及倒數(shù)第二個(gè)堿基,應(yīng)嚴(yán)格要求配對(duì),以避免因末端堿基不配對(duì)而導(dǎo)致PCR失敗。

⑥引物中有或能加上合適的酶切位點(diǎn),被擴(kuò)增的靶序列有適宜的酶切位點(diǎn),這對(duì)酶切分析或分子克隆很有好處。

⑦引物的特異性:引物應(yīng)與核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)的其它序列無(wú)明顯同源性。

 

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